针对您拿回扣被公司扣发工资的问题，以下法律依据可明确双方权利义务：
《中华人民共和国劳动法》第五十条规定：“工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。”您虽有拿回扣的违法行为，但公司无权直接剥夺您获得劳动报酬的权利，工资是基于您正常劳动的对价，与拿回扣的违法所得性质不同。
《工资支付暂行规定》第十六条补充：“因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。” 若公司能证明您拿回扣造成了经济损失，可按此规定扣除工资，但需严格遵守比例限制；若无损失证明或超比例扣除，公司行为违反上述法规，您有权主张支付。
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您当前的情况可能存在两个关键法律风险，需提前警惕：
1. 刑事追责风险：若您拿回扣的金额达到非国家工作人员受贿罪的立案标准（通常为6万元以上），公司可能向公安机关报案，您将面临刑事处罚。例如：您作为公司采购，在与供应商合作中收受10万元回扣，公司发现后不仅扣发工资，还收集了您的银行流水、供应商证言等证据，向警方报案，您可能被追究刑事责任。
2. 工资追偿时效风险：劳动仲裁的时效为1年，若您知道公司扣发工资后超过1年未维权，将丧失胜诉权。例如：公司2023年1月扣发您12月的工资，您直到2024年3月才申请仲裁，且无时效中断的证据（如协商记录、投诉记录），仲裁委可能驳回您的请求。
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很多员工在遇到“拿回扣被公司扣工资”时会因慌乱做出错误操作，以下是常见的误区：
1. 以“公司扣工资”为由拒绝配合调查：部分员工认为公司扣工资在先，便拒绝提供回扣相关的说明或证据，但此举可能被公司认定为“拒不改正”，反而加重后续的责任追究（如解除劳动合同、追究刑事责任）。
2. 私下与公司签订“放弃工资”的协议：若您在未明确公司扣发是否合法的情况下，签署自愿放弃工资的协议，后续即使发现公司违法，也可能因协议约束无法维权，需谨慎签署任何书面文件。
3. 采取过激行为（如散布公司负面信息）：部分员工为逼迫公司发工资，在社交平台或公司内部散布负面言论，若言论不实可能构成诽谤，需承担民事或行政责任，反而让自己陷入被动。
若您已出现上述错误操作，建议及时向律师咨询补救措施，避免扩大损失。
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您的问题处理可能受以下特殊情况影响，需具体分析：
1. 您与公司劳动合同中明确约定“拿回扣可扣发工资”：若合同条款中写明“员工收受回扣的，公司有权扣发当月全部工资”，但该条款因违反《工资支付暂行规定》第十六条的比例限制，属于无效条款，公司仍需按法定标准扣除，不能全额扣发。
2. 您拿回扣的行为已被司法机关立案侦查：若公安机关已对您的受贿行为立案，公司可能暂停支付工资，待司法程序结束后，根据判决结果处理（如法院判决您退赔赃款，公司可从工资中扣除退赔金额，但需遵守比例限制）。
3. 您处于试用期且公司能证明您不符合录用条件：若您在试用期内拿回扣，公司不仅可按法定标准扣发工资，还可依据《劳动合同法》第三十九条，以“不符合录用条件”为由解除劳动合同，且无需支付经济补偿。

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